Рекомендуется не вносить изменения в ".js" и ".css" файлы темы дизайна. Это необходимо для более легкого процесса обновления.
Для собственных CSS-стилей создайте блок yourshop.user.css с содержимым:
{literal} <style> /* Здесь будут находиться Ваши CSS-стили */ </style> {/literal}
Для собственных JS-скриптов создайте блок yourshop.user.js с содержимым:
{literal} <script> /* Здесь будут находиться Ваши JS-скрипты */ </script> {/literal}
Таким образом при обновлении темы дизайна Ваши изменения не будут удалены.
О том, как создавать блоки, читайте статью.